Os vírus da influenza eqüina pertencem à família dos ortomixovírus. Existem 2 subtipos, influenza A/Equi-1 e influenza A/Equi-2, que são classificados de acordo com as características antigênicas das glicoproteínas de superfície, a hemaglutinina (HA) e a neuraminidase (NA). Os vírus A/Equi-1 possuem uma H7HA e uma N7NA e os vírus A/Equi-2, uma H3HA e uma N8NA.

Uma característica importante dos vírus da influenza é a capacidade de sofrer mutação antigênica, o que reduz o grau e o período de proteção conferida por infecção anterior ou pela vacinação, pois os anticorpos de reação cruzada são menos eficazes e duráveis do que os anticorpos homólogos no vírus neutralizante. Isso permite ao vírus evitar a neutralização por parte dos anticorpos presentes em determinada população eqüina, podendo assim continuar a infectar animais soropositivos. Isso é causado pelas mutações, sobretudo as que ocorrem nos genes com o código da HA e da NA, provocando alterações na natureza antigênica das glicoproteínas de superfície. Os vírus A/Equi-1 sofrem menos mutações antigênicas, de forma que são mais antigenicamente estáveis e menos patogênicos do que os vírus A/Equi-2 que sofrem intensa mutação antigênica.

Sistema Respiratório

A influenza é contraída através da inalação, sendo extremamente contagiosa. O vírus infecta as células epiteliais que envolvem as vias aéreas inferiores e superiores. A hemaglutinina é um componente-chave do vírus, pois permite às partículas virais se fixarem no epitélio e penetrarem na célula. A infecção do epitélio ciliar provoca perda dos cílios num período de 3-4 dias de infecção, o que compromete o mecanismo de depuração mucociliar. Isso predispõe as vias aéreas comprometidas a infecção bacteriana secundária.

Ocorrência no mundo todo, exceto na Austrália e na Nova Zelândia, onde ainda não foram registrados casos de influenza eqüina. Trata-se de doença endêmica na América do Norte, Europa e América do Sul.